Chúa Trịnh ở Đàng Ngoài lợi dụng tình trạng hỗn loạn ở Đàng Trong, sai Hoàng Ngũ Phúc mang quân vào đánh. Hoàng Ngũ Phúc vượt sông Gianh đánh chiếm Phú Xuân. Nguyễn Phúc Thuần bỏ chạy vào Quảng Nam. Nguyễn Nhạc mang quân ra đánh Quảng Nam, Thuần thua trận vượt biển chạy vào Gia Định. Nguyễn Nhạc bắt được Nguyễn Phúc Dương, muốn nhân danh nghĩa của hoàng tử đang thất thế này để thu nạp thêm một số người trong các giới quân dân còn lại đang theo giúp Phúc Dương hoặc vẫn ủng hộ với dòng họ chúa Nguyễn.

Sau đó quân Tây Sơn đụng độ với Hoàng Ngũ Phúc ở Quảng Nam bị thua lớn, vì vậy phải xin hàng, nguyện làm tiên phong đánh Nguyễn. Hoàng Ngũ Phúc nhân danh Trịnh Sâm phong chức cho Nguyễn Nhạc.